Nació el 31 de Julio de 1963 en la Prefectura de Gifu, mientras cursaba la escuela primaria comenzó a demostrar su interés por el manga de terror cuando su hermana mayor le comenzó a prestar su colección de "Umezu Kazuo (楳図かずお)" (considerado por muchos como el padre del genero de terror en Japón). Ito, inspirado por la afición al dibujo de su hermana y las obras de Kazuo, pronto descubrió un hobby que, al inicio, fue alternando con sus estudios y luego con su profesión (de dentista). En 1987, Ito presentó una de sus historias a la "Gekkan Halloween" en donde ganó la mención honorífica en el "Premio Umezu Kazuo", el mismo año publica su primera historia en la revista "Nemuki Halloween Monthly" además de comenzar con una de sus series más reconocidas "Tomie" (que duró hasta el año 2000). Tomie fue premiada con el premio Umezu Kazuo a la excelencia obligando a Ito a tomar la decisión de su vida, abandonó su carrera de dentista y se centro totalmente en el manga de terror. Durante la década de los 90’s continuó publicando historias en la revista Nemuki además de la revista "Bizarre Tales os Sleepless Nights" y el año 1997 publica "The Tragic Story of the Giant Black Pillar" en la revista "Shougakukan’s Big Comic Spirits Weekly", un manga de 4 partes que propicia el próximo gran éxito de ito cuando en 1998 publica "Uzumaki", una serie de historias cortas con un denominador común: un pueblo donde sus habitantes comienzan a fascinarse, de manera macabra, con las figuras en forma de espiral, una obsesión enfermiza que desemboca en asesinatos, locura, transformaciones, body horror (otro tema muy frecuente en el trabajo de Ito), gore y mucho más. El éxito continuó el 2001 cuando publica su tercera gran obra llamada "Gyo" (altamente influenciada por la película Tiburon de Spielberg), en Gyo la historia gira alrededor de la pareja formada por Tadashi y Kaori que deben enfrentarse a una misteriosa horda de peces gigantes con patas de metal, impulsados por un olor conocido como el “hedor de la muerte”. Sus obras continúan evolucionando a lo largo de tiempo con publicaciones como "El diario gatuno de Junji Ito", "Black Paradox" o "Hellstar Remina" y pese a que su éxito en el manga no fue el mismo que en los videojuegos (donde trabajo en juegos que nunca salieron de Japón) sigue siendo un autor destacado y de referencia. En sus obras destacan su línea limpia, sus gestos exagerados, su querencia por los acontecimientos sobrenaturales y también su interés en explorar la compleja construcción de los sentimientos humanos.